Rafraîchir 
re-lit tous les dossiers ouverts, et met à jour la liste actuelle. Si un fichier a été modifié, ajouté ou supprimé, la liste est corrigée, et les couples d'items correspondants sont recomparés si nécessaire. Rafraîchir laisse tous les paramètres existants tels quels, les dossiers ouverts, les sélections telles quelles, et ne recompare que les items qui ont été modifiés.
Rafraîchir Complètement 
est une opération plus lourde qui oublie complètement toute comparaison existante de dossiers. Il devra se reconnecter aux sites FTP, rebalayer tous les dossiers, et recomparer tout. Il conserve les paramètres de la session intacts, mais tous les dossiers ouverts seront fermés et votre sélection disparaîtra. C'est sa première utilité si vous souhaitez forcer la recomparaison de tout et si Beyond Compare n'a pas détecté correctement un changement dans le système de fichiers ou sur un site FTP.